W 1943 roku Niemcy powołali dwie komisje do zbadania zbrodni – jedną złożoną z 13 ekspertów niemieckich i drugą, w której skład weszli specjaliści w zakresie medycyny sądowej z 11 krajów europejskich (m.in. dr Ferenc Orsós, jeden z członków komisji badającej masowe groby ofiar zbrodni katyńskiej). Obie komisje doszły do identycznych wniosków co do daty popełnienia zbrodni (lata 1937–1938). Komisje zakończyły prace w lipcu 1943 roku i w tym samym roku opublikowano w Lipsku oficjalny raport na temat zbrodni zatytułowany Amtliches Material zum Massenmord von Winniza. Mord w Winnicy był wykorzystywany przez władze niemieckie do celów propagandowych (np. jako temat plakatów).
W okresie II wojny światowej na miejscu pogrzebania zwłok wzniesiono pomnik poświęcony „ofiarom stalinowskiego terroru”, który w czasie drugiej okupacji sowieckiej został najpierw przemianowany na pomnik ofiar nazizmu, a potem zdemontowany w ramach prac przekształcających obszar pochówku w park rozrywki im. Maksima Gorkiego. Władze ZSRR nie podjęły próby oskarżenia Niemców o mord w Winnicy na procesie przed Międzynarodowym Trybunałem Wojskowym w Norymberdze. O mordzie w Winnicy po raz pierwszy zaczęto pisać na Ukrainie w 1988 rokuВ. Васильев, Ю.