Purkyně miał duży talent organizacyjny i umiejętność pozyskiwania pomocy finansowej na badania. Dzięki temu jego placówka wyposażona była w bardzo nowoczesne na ówczesne czasy mikroskopy, pozwalające na analizę struktur komórkowych. Zasadniczym wkładem Purkyniego w światową naukę w obszarze morfologii jest sprostowanie szeregu błędnych poglądów twórców koncepcji budowy komórkowej organizmów żywych, za jakich są uważani niemieccy przyrodnicy Matthias J. Schleiden (1804–1881) oraz Theodor Schwann (1810–1882). Schwann i Schleiden, publikując swoją koncepcje w 1832 r., sądzili, że cytoplazma komórek kształtuje się („krystalizuje się”) z bezpostaciowej blastemy (zarodzi) w uporządkowane porcje „pozamykane” w małych komórkach. Purkyně i jego uczniowie, poprzez szczegółowe badania mikroskopowe tkanek i komórek, przedstawili dowody, które stały się podstawą obalenia tego poglądu. Dokonania naukowe Purkyniego w istotny sposób uporządkowały wiedzę o strukturze komórek i różnych tkanek. Według zgodnej opinii wielu współczesnych autorytetów, Instytut Fizjologii we Wrocławiu kierowany przez Purkyniego stał się „kolebką histologii”.