W 1991 podjęła pracę naukowo-dydaktyczną jako adiunkt w Szkole Prawa University of Chicago. Cztery lata później została tam profesorem. Wkrótce później trafiła do administracji prezydenta Billa Clintona, gdzie początkowo pracowała w służbach prawnych Białego Domu, a następnie trafiła do zespołu doradców prezydenta ds. polityki wewnętrznej. Pod koniec swojego urzędowania Clinton próbował nominować ją na federalnego sędziego apelacyjnego, jednak jej kandydatura została zablokowana przy pomocy wybiegów proceduralnych przez Orrina Hatcha, ówczesnego przewodniczącego Senackiej Komisji Sądownictwa, która, zgodnie z prawem, opiniuje wszystkich kandydatów na sędziów federalnych. Kagan postanowiła powrócić na uczelnię, jednak władze Szkoły Prawa University of Chicago nie zdecydowały się na jej ponowne zatrudnienie. W tej sytuacji związała się ze Szkołą Prawa Uniwersytetu Harvarda, gdzie początkowo była wizytującym profesorem (ang. visiting professor), następnie od 2001 etatowym profesorem, a w 2003 jako pierwsza kobieta została dziekanem prawa na tej uczelni. Na tym stanowisku wsławiła się bardzo ostrym egzekwowaniem zakazu prowadzenia na Harvardzie rekrutacji potencjalnych prawników przez amerykańskie wojsko. Motywowała to dyskryminacją osób homoseksualnych w siłach zbrojnych USA (zob.