Z czasem Sudowia zarosła lasami, w których polowali Wielcy Książęta Litewscy. Dopiero z początkiem wieku XV krainę zaczęto kolonizować. Przybywali tutaj Litwini z okolic miejscowości Merkinia i Punia. To oni nazwali jezioro „Punia”, od którego pochodzi nazwa miejscowości Puńsk. Miejscowość ta była jedną z pierwszych założonych na tym terenie. W tym też czasie powstały m.in. miejscowości: Berżniki, Sejny, KrejwianyPiotr Skurzyński Warmia, Mazury, Suwalszczyzna Wyd. Sport i Turystyka - Muza S.A. Warszawa 2004 s. 389.
Niegdyś tereny dzisiejszego Puńska należały do leśnictwa sejwejskiego. Stał tu dwór, który był jego siedzibą.
Puńsk położony był w drugiej połowie XVI wieku w powiecie trockim województwa trockiegoНациональный атлас Беларуси, Mińsk 2002, s. 266-267..
Miejscowość powstała na terenie wcześniejszej wsi Nowy Puńsk. W 1597 Stanisław Zaliwski, chorąży litewski i leśniczy sejwejski przystąpił do tworzenia w Puńsku ośrodka miejskiego. Ufundował i wyposażył kościół parafialny oraz zezwolił na targi w niedziele i święta. Nadał też plebanowi osiem włók ziemi we wsi Szołtany, zaś w 1606 przekazał kolejne 15 włók we wsi.