Dwadzieścia jeden dni później miał miejsce pierwszy z dwóch ataków na terenie Japonii dokonanych za pomocą bomb, przy których stworzeniu Kistiakowsky brał udział. Po ataku Kistiakowsky, podobnie jak pozostali naukowcy z Los Alamos, nie świętował jego powodzenia z powodu przytłoczenia ogromem zniszczeń, będących jego skutkiem. Inaczej było, kiedy dwa tygodnie później do Los Alamos dotarła wiadomość o kapitulacji Japonii. Jak sam wspominał:
Działalność po II wojnie światowej Niedługo po zakończeniu II wojny światowej George Kistiakowsky wrócił na Uniwersytet Harvarda, aby uczyć chemii. W 1957 roku został członkiem prowadzonego przez administrację Dwighta Eisenhowera Prezydenckiego Komitetu Doradczego do spraw Nauki (ang. President’s Science Advisory Committee, PSAC). Dwa lata później zastąpił na stanowisku przewodniczącego komitetu. W latach 1959–1961 kierował ponadto nowo utworzonym Biurem Polityki Naukowej i Technologicznej (ang. Office of Science and Technology Policy, OSTP).