Protokół Zephyr jest obsługiwany przez szereg programów klienckich, m.in. zwgc (Zephyr Windowgram Client), vt / jervt, Owl, BarnOwl, Pidgin (począwszy od wersji 0.11.0-pre10, wydanej 13 kwietnia 2001)https://www.pidgin.im/ChangeLog i był obsługiwany przez Adium od wersji 0.70 (wydanej 18 października 2004 roku) do wersji 1.4b6 (wydanej 3 czerwca 2009 roku) oraz specjalny tryb (zephyr-mode) edytora tekstu Emacs. Oprogramowanie Zephyr uruchomione na MIT korzysta z systemu Kerberos w celu uwierzytelnienia użytkownika.
Komunikacja odbywa się pomiędzy maszynami, na których pracują użytkownicy – program kliencki łączy się z programem Zephyr Host Manager (zhm), który zapewnia połączenia z innymi użytkownikami. Zephyr Host Manager powinien być uruchomiony na każdej maszynie, z której korzystają użytkownicy. Do odnalezienia użytkowników i ich maszyn służą serwery usługi Zephyr, które prowadzą katalog użytkowników. Serwery usługi Zephyr wymieniają między sobą spis użytkowników i informację o ich obecności, tak więc awaria jednego z serwerów pozwala na dalsze działanie sieci. Zephyr Host Manager odnajduje w sieci serwery Zephyra poprzez usługę lub korzystając z adresów serwerów podanych podczas uruchomienia program Host Managera.