Technologie i teorie leżące u podstaw badań genetycznych są nietrywialne, jednak analiza rezultatów badań Y-DNA w genetyce genealogicznej jest stosunkowo nieskomplikowana. Otrzymane wyniki badania Y-DNA w postaci tabel zawierających nazwy znalezionych SNP albo nazwy przebadanych STR z ich znalezionymi wartościami są porównywane dla badanych dwóch mężczyzn. Uzyskanie dla nich obu takich samych wyników oznacza ich bliskie pokrewieństwo genetyczne.
W przypadku badań mtDNA porównuje się tabele zawierające wykaz zmian w stosunku do standardowej sekwencji CRS (Cambridge Reference Sequence), a po roku 2012 coraz częściej do RSRS (Reconstructed Sapiens Reference Sequence). Jeżeli u obu osób występują te same mutacje, oznacza to ich bliskie pokrewieństwo genetyczne.
W obu typach badań zwiększanie się liczby różnic oznacza coraz dalsze pokrewieństwo, aż do momentu gdy statystycznie jest ono możliwe dopiero w czasach przedhistorycznych.
Wnioskowanie na podstawie testów Y-DNA oraz mtDNA jest najprostsze, ponieważ ich materiał genetyczny nie ulega rekombinacji podczas mejozy (por.