Pierwszym ordynariuszem nowej diecezji został mianowany Władysław Jędruszuk, dotychczasowy administrator apostolski diecezji pińskiej. Kościół pw. Trójcy Przenajświętszej w Drohiczynie, wzniesiony przez jezuitów w latach 1696–1709, stał się katedrą biskupa i diecezji. Siedzibą biskupów drohiczyńskich są gmachy dawnego zespołu pojezuickiego (XVII-XVIII wiek). Tutaj też znajduje się kuria diecezjalna, Archiwum Diecezjalne oraz Wyższe Seminarium Duchowne.
Część diecezji leżąca po lewej stronie Bugu, podobnie jak północno-wschodnia, do trzeciego rozbioru Polski należała do diecezji łucko-brzeskiej. Od 1805 tereny te zostały włączone do nowo powołanej diecezji lubelskiej, a częściowo do warszawskiej. W 1818 część lubelska weszła do diecezji janowskiej, zwanej podlaską. Ukazem carskim z dnia 22 maja 1867 diecezja janowska została skasowana i włączona do diecezji lubelskiej. Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę, papież Benedykt XV w 1918 odłączył diecezję janowską od lubelskiej. Na mocy bulli „Vix dum Poloniae unitas” z 28 października 1925 diecezja janowska otrzymała oficjalnie nazwę – diecezja siedlecka, czyli podlaska.