Od lutego 2009 do początku 2011 roku w Mikro działał dyskusyjny klub filmowy DKF Mikro-Odeon, którego gospodarzem był Maciej Gil. DKF został wyróżniony Nagrodą Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej. Nagroda została wręczona podczas Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni. W kinie odbywały się pokazy połączone z panelami popularnonaukowymi, m.in. z udziałem Jerzego Vetulaniego, który był w Mikro częstym gościem.
Kino Mikro jest zrzeszone w Sieci Kin Studyjnych i Lokalnych oraz w sieci Europa Cinemas. W kwietniu 2010 roku w kinie został zainstalowany projektor cyfrowy, który umożliwia projekcję filmów w 3D. W 2013 roku została uruchomiona filia Kina w Galerii Bronowice.
W Kinie Mikro odbywają się projekcje w ramach Krakowskiego Festiwalu Filmowego, Off Camera i Copernicus Festival. Corocznie w Mikro odbywa się też Przegląd Filmów o autyzmie i zespole Aspergera. We wrześniu 2019 roku Kino Mikro zainicjowało cykl Pora dla seniora, w którym pokazy poprzedzają prelekcje filmoznawców: Janusza Korosadowicza i Bogusława Skowronka, a po pokazach odbywa się poczęstunek i dyskusja wśród widzów.