Wówczas także wywalczył superpuchar Meksyku – Campeón de Campeones, zaś w 2005 roku zajął drugie miejsce w superpucharze, docierając również do finału zarówno najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF, jak i drugiego co do ważności turnieju Ameryki Południowej – Copa Sudamericana.
Przez cały ten czas Palacios pełnił jednak rolę rezerwowego dla podstawowego duetu stoperów, który stanowiły wówczas klubowe legendy – Joaquín Beltrán i Darío Verón. Pewne miejsce w wyjściowej jedenastce zapewnił sobie dopiero wiosną 2006, po odejściu pierwszego z nich. Premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej strzelił 12 listopada 2006 w wygranej 5:0 konfrontacji z Tigres UANL, zaś w lipcu 2007 udał się na wypożyczenie do niżej notowanego Tiburones Rojos de Veracruz. W barwach ekipy z portowego miasta spędził pół roku, walcząc o utrzymanie w pierwszej lidze, po czym powrócił do Pumas, gdzie stworzył duet środkowych defensorów z Verónem. W rozgrywkach Clausura 2009 zanotował trzecie w swojej karierze mistrzostwo kraju, natomiast po raz czwarty mistrzem Meksyku został w sezonie Clausura 2011, cały czas mając niepodważalną pozycję w pierwszym składzie zespołu prowadzonego wówczas przez Guillermo Vázqueza.