Do kapitulacji batalion utrzymywał pozycje w rejonie ulic: Wroniej, Chłodnej, Krochmalnej, Waliców, Grzybowskiej, Ciepłej, Ceglanej, Bagna i Grzybowskiej. Od 20 września oddziały batalionu weszły w skład I batalionu 15 Pułk Piechoty „Wilków” AK.
Sprawa mordów na Żydach Według Barbary Engelking i Dariusza Libionki w dniach 11–12 września 1944 w kamienicach przy ul. Prostej 4 i Twardej 30 grupa żołnierzy batalionu zamordowała w calach rabunkowych kilkunastu ukrywających się tam Żydów, w tym kobiety i dzieci. Podanym zarzutom zaprzeczył jednak Leszek Żebrowski w publikacji pt. Paszkwil Wyborczej oraz syn kpt. Wacława Stykowskiego, Jacek Wacław Stykowski.
Z ustaleń Jacka Stykowskiego wynika, że sprawcy mordów mieli działać na własną rękę, wykorzystując zamieszanie spowodowane niemiecką dywersją. Żaden z dowódców nigdy nie wydał, ani zgody, ani tym bardziej rozkazu, zabijania niewinnych cywilów. Co więcej, przeciwdziałano bandytyzmowi, wszczynając dochodzenie wewnętrzne i aresztując podejrzanych.