13 listopada 1987 wydano pozwolenie na budowę nowego kościoła. 10 kwietnia 1988 ówczesny kanclerz diecezji lubelskiej, Franciszek Przytuła, odprawił mszę św. na placu budowlanym. 23 kwietnia 1989 odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego pod budowę nowego kościoła, poświęcenia dokonał bp Piotr Hemperek. 29 czerwca 1997 bp Jan Śrutwa dokonał konsekracji nowej świątyni. Kościół wzniesiony według projektu Rity i Tadeusza Nowakowskich. Jest to budowla murowana, jednonawowa, założona na planie prostokąta, z prezbiterium skierowanym ku północy.
Pomimo wybudowania nowego kościoła, w 2009 roku zostało założone Stowarzyszenie Na Rzecz Remontu Drewnianego Kościoła Zabytkowego w Werbkowicach i zorganizowana zbiórka pieniędzy. W 2017 stowarzyszenie zostało rozwiązane.
Przez lata obszar parafii stopniowo ulegał pomniejszeniu na rzecz parafii w: Hostynnem, Terebiniu i Gozdowie.
Do obchodów stulecia wspólnota parafialna przygotowywała się już od początku roku. Została zorganizowana wystawa pod hasłem: „Oto siewca wyszedł siać…”, która prezentowała wiele pamiątek z ostatniego wieku istnienia parafii. 7 listopada 2019 odbyła się uroczystość jubileuszowa.