16 kwietnia 1994 miała miejsce jego chirotonia na biskupa wieriejskiego, wikariusza eparchii moskiewskiej. 18 lipca 1995 został mianowany rektorem Moskiewskiej Akademii Duchownej. Od 18 lipca 1999 jest również zastępcą przewodniczącego komisji teologicznej przy Świętym Synodzie Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Od 25 lutego 2000 nosił tytuł arcybiskupa wieriejskiego, zaś od 11 kwietnia 2004 jest profesorem Moskiewskiej Akademii Duchownej.
W 2018 r. wybrany zwierzchnikiem Estońskiego Kościoła Prawosławnego. W tajnym głosowaniu na soborze duchowieństwa i świeckich tegoż Kościoła, jaki odbył się 29 maja 2018 r. w soborze św. Aleksandra Newskiego w Tallinnie, uzyskał 74 głosy, podczas gdy na jego kontrkandydata, biskupa narewskiego Łazarza, głosowało 37 delegatów. Uroczysty ingres na katedrę tallińską miał miejsce w dniach 16–17 czerwca 2018 r. w soborze św. Aleksandra Newskiego w Tallinnie.
W 2024 r., w związku z brakiem potępienia przez Eugeniusza rosyjskiej agresji na Ukrainę mimo wielokrotnych apeli, władze estońskie nie przedłużyły mu prawa do czasowego pobytu i wezwały biskupa do opuszczenia kraju.