W 1991 roku zaprezentowano drugą odmianę auta po face liftingu zwaną CS. Odświeżono m.in. przednie reflektory, grill, zderzaki, tylne zderzaki oraz klapę bagażnika w wersji liftback. Przy okazji liftingu zmiany wprowadzono także we wnętrzu pojazdu. Przycisk świateł awaryjnych powędrował z kolumny kierownicy na deskę rozdzielczą obok zegara, a także zmieniono wygląd i funkcję komputera podróżnego.
W 1993 roku wprowadzono do produkcji usportowioną wersję auta nazwaną Aero dostępną wyłącznie w wersji liftback.
W roku 1998 zastąpiony został nowszym modelem 9-5 bazującym jednak częściowo na podzespołach Opla, co negatywnie wpłynęło na wizerunek firmy. Ponadto Saab 9-5 nie oferował już tyle miejsca wewnątrz, co starszy model 9000. Komfort jazdy znacznie się poprawił, wnętrze modelu 9-5 bardzo przypominało odświeżoną wersję kokpitu 9000. Ponadto pojawiła się wersja kombi, niedostępna w starszych modelach serii 9000. Saab 9000 uchronił się skutecznie przed silnikami Diesla, których nie posiadał w ogóle w ofercie podczas swojej produkcji.
Wyprodukowano ogółem 503 087 egzemplarzy. Był to pierwszy duży, sztandarowy model szwedzkiej marki.