W październiku Mustafina wzięła udział w swoich drugich Mistrzostwach Świata w Antwerpii, gdzie po niezbyt udanych kwalifikacjach, zdołała zakwalifikować się do finałów wieloboju, poręczy oraz równoważni. W finale wieloboju zyskała wyniki 14.841 w skoku, 15.233 na poręczach, 14.133 na równoważni oraz 14.566 na ćwiczeniach wolnych, dzięki czemu wygrała brązowy medal z łączną punktacją 58.865. W finale na poręczach uzyskała notę 15.033, po raz drugi plasując się na trzeciej pozycji. Zakończyła zawody w finale na równoważni, gdzie otrzymała tytuł mistrzyni świata z wynikiem 14.900. Tym samym Mustafina dołączyła do ścisłej listy zawodniczek, które zdobyły medal na Mistrzostwach Świata na każdym przyrządzie.
2014 W kwietniu 2014 roku Alija Mustafina po raz kolejny obroniła tytuł mistrzyni Rosji. Pomimo kontuzji kostki wystąpiła na Mistrzostwach Europy w Sofii, gdzie zakwalifikowała się do finałów na poręczach i równoważni. W finale wieloboju drużynowego, pomogła kadrze rosyjskiej w zdobyciu brązowego medalu, po czym uplasowała się na drugiej pozycji na poręczach oraz trzeciej na równoważni.