2015 Przez kontuzje Alija nie startowała w Mistrzostwach Rosji oraz Europy. Powróciła do zawodów w lipcu 2015 roku na Igrzyskach Europejskich w Baku, gdzie zdobyła złoty medal z kadrą rosyjską (w składzie z Wiktoriją Komową i Sedą Tutchaljan). W finale wieloboju indywidualnego zdobyła tytuł mistrzyni z wynikiem 58.566, po czym wygrała złoto na poręczach i srebro na ćwiczeniach wolnych.
We wrześniu Mustafina wycofała się z udziału w Mistrzostwach Świata w Glasgow z powodu bólów kręgosłupa.
2016 Alija Mustafina wróciła do zawodów na Mistrzostwach Rosji w Penzie, gdzie zdobyła srebro w wieloboju drużynowym oraz brązowe medale na poręczach i równoważni. W czerwcu, wzięła udział w Mistrzostwach Europy w Bernie, gdzie zakwalifikowała się na pierwszych miejscach do finałów na poręczach i równoważni z wynikami 15.166 i 14.733. W finale drużynowym uzyskała noty 15.333 na poręczach, 14.800 na równoważni oraz 13.466 na ćwiczeniach wolnych, dzięki czemu Rosja wygrała złoto z przewagą pięciu punktów. W finale na poręczach, Mustafina wykonała nieco łatwiejszy układ niż zwykle i zdobyła brązowy medal z wynikiem 15.100.