W wiosennym sezonie Clausura 2004 Palacios zdobył ze swoją ekipą tytuł mistrza Meksyku i sukces ten powtórzył również pół roku później, podczas jesiennych rozgrywek Apertura 2004. W tym samym roku wywalczył też superpuchar Meksyku – Campeón de Campeones. W 2005 roku zajął natomiast drugie miejsce w superpucharze, a także dotarł do finału zarówno najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF, jak i drugiego co do ważności w Ameryce Południowej turnieju Copa Sudamericana. W sezonie Apertura 2007 osiągnął z Pumas wicemistrzostwo kraju, natomiast w rozgrywkach Clausura 2009 zdobył z ekipą prowadzoną przez Ricardo Ferrettiego swoje trzecie mistrzostwo Meksyku. Podstawowym golkiperem swojej ekipy został jednak dopiero w styczniu 2011, po zakończeniu kariery przez klubową legendę i swojego konkurenta – Sergio Bernala. W rozgrywkach Clausura 2011, mając już niepodważalne miejsce w wyjściowej jedenastce, wywalczył z Pumas czwarty w swojej karierze tytuł mistrza Meksyku.
W listopadzie 2014 Palacios doznał poważnej kontuzji barku, w wyniku której musiał przejść operację i był niezdolny do gry przez kolejne siedem miesięcy.