W sierpniu 2013 Cruz zastąpił Víctora Manuela Vuceticha na stanowisku trenera czołowego klubu w Meksyku – CF Monterrey. Cztery miesiące później poprowadził go podczas drugich już w swojej karierze Klubowych Mistrzostwach Świata, jednak jego zespół zakończył swój udział w rozgrywkach już w ćwierćfinale, sensacyjnie ulegając po dogrywce marokańskiemu Raja Casablanca (1:2). Później znacząco pokonał jeszcze w meczu o piąte miejsce egipskie Al-Ahly (5:1), jednak postawa klubu w całym turnieju została uznana powszechnie za rozczarowanie. Ogółem ekipę Monterrey prowadził z bardzo słabym skutkiem przez pół roku, odnosząc zaledwie pięć zwycięstw w siedemnastu ligowych meczach i został zwolniony w lutym 2014. Siedem miesięcy później objął drużynę Monarcas Morelia, zajmującą wówczas ostatnią pozycję w tabeli i niezdolną wygrać siedmiu kolejnych spotkań. Na dłuższą metę nie potrafił odmienić gry zespołu, zwyciężając tylko dwa razy w dziesięciu ligowych meczach i w listopadzie 2014 został zwolniony.
W styczniu 2015 Cruz został trenerem walczącego o utrzymanie w lidze klubu Puebla FC.