Miasto wyróżniło się czynnym udziałem mieszkańców w powstaniu styczniowym. W noc wybuchu powstania, Bodzentyn został zaatakowany przez powstańców, pod dowództwem braci Dawidowiczów. Oddział złożony był z pracowników zakładów suchedniowskich. Bitwa pozostała nierozstrzygnięta, a zarówno powstańcy, jak i rosyjski garnizon, opuścili miasto. 23 stycznia 1864, w pierwszą rocznicę bitwy, odbyła się tu defilada oddziałów powstańczych, którą odebrał generał Józef Hauke-Bosak. Generał odczytał rozkaz Romualda Traugutta i podziękował podkomendnym za ich postawę w bitwach pod Iłżą i pod Cisowem. W 1868 miasto zamieszkiwało 1469 mieszkańców, w tym 428 ŻydówWiech, St., Miasteczka guberni kieleckiej w latach 1870–1914, Kielce 2003, s. 128, 134.. Dwa lata później w efekcie reformy administracyjnej Bodzentyn utracił prawa miejskie i stał się osadą. Zdecydowana większość mieszkańców zajmowała się rolnictwem. W niewielkim stopniu rozwinęło się rzemiosło. Handel pozostawał w całości w rękach ludności żydowskiej.