Wkrótce po wybuchu wojny okazało się, że konstrukcja samolotu jest już przestarzała i jako samolot torpedowy może odnosić sukcesy jedynie w braku przeciwdziałania lotnictwa przeciwnika. W roli tej zastąpiono go więc nowszymi konstrukcjami, lecz mimo to produkcję Swordfisha kontynuowano, z nowym przeznaczeniem, jako samolotu nadającego się do zwalczania okrętów podwodnych. W 1943 roku rozpoczęto produkcję nowej wersji samolotu Swordfish Mk. II. Główną różnicą w konstrukcji było przystosowanie go do przenoszenia niekierowanych pocisków rakietowych do zwalczania okrętów podwodnych. Zastosowanie tego uzbrojenia wymagało pokrycia dolnej części płata blachą w celu uchronienia go przed płomieniami wylotowymi z silników rakiet. Ponadto większość samolotów tej wersji miała mocniejszy silnik Bristol Pegasus 30 (750 KM / 552 kW). W wersji tej zbudowano do 1944 roku 1080 samolotów (łącznie z przebudowanymi na Mk. IV).