W rezultacie byli często myleni z lollardami – ruchem plebejsko - religijnym sprzeciwiającym się jawnie działalności Kościoła. Prześladowania zakonników były tak poważne, że papież Grzegorz XI zmuszony był wydać bullę Ad Audientiam Nostram z 2 grudnia 1377 roku. Kierował ją przede wszystkim do biskupów niemieckich z Kolonii, Trewiru i Moguncji. Zakazał prześladowań aleksjanów i narzucił karę dla prześladowców. Podobne bulle wydał papież Bonifacy IX 7 stycznia 1396 roku, papież Eugeniusz IV w dniu 12 maja 1431, następnie papież Mikołaj V i papież Pius II. W 1469, dom zakonny w Aix-la-Chapelle wyraził prośbę do Louisa de Bourbona, księcia-biskupa Liège o podniesienie tego domu do rangi klasztoru Zakonu Świętego Augustyna. Wniosek został rozpatrzony pozytywnie i w 1472 roku, wspólnoty braci których łączył jeden wspólny cel, zostały uznane przez papieża jako zgromadzenie zakonne. w tym samym roku przyjęto regułę św. Augustyna. W tym okresie, powstają cztery prowincje zakonu: w Górnej i Środkowej Nadrenii, Flandrii i Brabancji. Kierowane są przez komisarzy lub prowincjałów, wybranych spośród członków innego zakonu, a nad niektórymi klasztorami władzę sprawował miejscowy biskup. Rewolucja francuska znacznie osłabiła strukturę zakonu.