W 2006 biskup Barnaba wycofał swoją przynależność do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego na Wygnaniu, jednak parafia w Cannes podzieliła się ponownie, tym razem na zwolenników i przeciwników zjednoczenia Cerkwi poza granicami Rosji z Patriarchatem Moskiewskim. Ta druga grupa doprowadziła do zmiany proboszcza parafii i ogłosiła wyjście cerkwi spod dotychczasowej jurysdykcji.
W latach 2006–2007 Synod Biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji prowadził działania na rzecz zakończenia konfliktu w parafii, jednak biskupowi Barnabie nie udawało się zjednoczenie parafian. 20 grudnia 2006 Synod potwierdził przynależność parafii do eparchii genewskiej i zachodnioeuropejskiej i polecił biskupowi Genewy Michałowi zajęcie się sprawą. W tym samym momencie część parafian sprzeciwiających się zjednoczeniu ogłosiła przejście pod jurysdykcję Rosyjskiego Kościoła Prawdziwie Prawosławnego. Sam budynek cerkwi pozostał jednak własnością Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji, który ostatecznie nadał parafii status stauropigialnej placówki duszpasterskiej (tj. pod bezpośrednim zarządem metropolitalnym).