Dziesięć lat później wszedł w skład kierownictwa Kongregacji jako jej podsekretarz. 13 października 2003 papież Jan Paweł II mianował go przewodniczącym Papieskiej Komisji ds. Dziedzictwa Kulturowego Kościoła. W związku z tą nominacją 15 listopada 2003 został wyświęcony na biskupa i otrzymał stolicę tytularną Victoriana. Sakry udzielił mu kardynał Tarcisio Bertone. W sierpniu 2004 stanął na czele Papieskiej Komisji ds. Archeologii, a w 2007 powrócił do Kongregacji ds. Duchowieństwa jako jej sekretarz (w związku z tym został jednocześnie wyniesiony do godności arcybiskupa). 7 października 2010 objął najwyższe stanowisko w Kongregacji – jej prefekta. 20 października 2010 papież Benedykt XVI ogłosił jego nominację kardynalskąGregor Kollmorgen, Pope Benedict Announces Creation of New Cardinals, "New Liturgical Movement" [dostęp 2010-10-20], zaś miesiąc później kreował go kardynałem diakonem San Paolo alle Tre Fontane.