Muszą zostać spełnione wszystkie poniższe warunki: napadowy, silny, ostry ból brzucha zlokalizowany wokół pępka i trwający przynajmniej godzinę pomiędzy napadami okresy powrotu do normalnego stanu zdrowia trwające przez kilka tygodni lub miesięcy napady bólu zaburzają normalną aktywność bólowi brzucha muszą towarzyszyć przynajmniej 2 stany spośród następujących: brak łaknienia nudności wymioty ból głowy światłowstręt bladość skóry nie stwierdza się chorób zapalnych, metabolicznych, nowotworowych lub związanych z wadami anatomicznymi, wywołujących podobne objawy
Aby kryteria rozpoznania zostały spełnione, napady bólu brzucha muszą wystąpić przynajmniej dwukrotnie w ciągu ostatnich 12 miesięcy.
Migrenę brzuszną należy zawsze różnicować z innymi chorobami mogącymi powodować silny ból brzucha, wymaga to wykonania badań dodatkowych. Należy wykluczyć choroby, takie jak: wady anatomiczne dróg moczowych, niedrożność jelit, choroby dróg żółciowych, zapalenie trzustki, rodzinną gorączkę śródziemnomorską, porfirię, chorobę wrzodową, powtarzający się wzrost ciśnienia śródczaszkowego.