Zoo słynie na świecie z hodowli kondorów wielkich, z których otrzymuje regularne przychówki. W lipcu 2008 otwarto żyrafiarnię, w której mieszkają obecnie 4 żyrafy Rothschilda (Giraffa camelopardalis rothschildi). W tym samym roku sprowadzono surykatki i geparda. W marcu 2009 przybył do Gdańska pierwszy takin złoty. 6 października 2014 do zoo przyjechały cztery lwy rasy angolskiej, dla których wybudowano nową lwiarnię (ostatni raz te drapieżniki prezentowano w Gdańsku w latach 90. XX wieku).
Zwierzęta Gdański Ogród Zoologiczny uczestniczy w Europejskim Programie Ochrony Zwierząt (EEP).
Od 2005 jako jedyny ogród w Polsce prezentuje anoa (w europejskich ogrodach zoologicznych, żyje około 60 osobników) oraz lutangi jawajskie. Wśród prezentowanych zwierząt jest wiele rzadkości są to m.in. oryksy szablorogie, hipopotamy karłowate, grupa kawalerska żyraf Rothschilda, antylopy bongo leśne, gepardy, szpaki balijskie, pingwiny tońce, mandryle, orangutany, szympansy, jelenie Alfreda, dzioborożce kafryjskie, takiny miszmi, tygrysy amurskie.