W Rumunii Szadkowski stworzył szlak przerzutowy z Bukaresztu na Bliski Wschód.
Po upadku Francji udał się na Bliski Wschód, do powstającej tam Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich. Jako aktywny działacz Związku Harcerstwa Polskiego współorganizował działalność harcerską w oddziałach i w skupiskach Polaków w Palestynie. Z Samodzielną Brygadą Strzelców Karpackich, walcząc w składzie 3 batalionu, brał udział w obronie Tobruku i w przegranej przez aliantów bitwie pod Gazala. Skierowany w 1942 roku do Szkoły Podchorążych Piechoty, został po ukończeniu kursu jej instruktorem, cały czas uczestnicząc w pracach organizacji harcerskich. Od 1 grudnia 1943 roku został rozkazem Naczelnego Wodza K. Sosnkowskiego mianowany kierownikiem Samodzielnego Referatu Harcerskiego Dowództwa Wojsk na Środkowym Wschodzie. W październiku 1944 roku został Komendantem ZHP na Wschodzie. Przeszedł szlak bojowy II Korpusu, walczył w Afryce Północnej i we Włoszech. Służbę wojskową zakończył w stopniu podpułkownika.