W IX w. kościół został przekazany benedyktynom kluniackim, a w 1176 stał się sławny dzięki zwycięstwu Ligi Lombardzkiej w bitwie pod Legnano, ponieważ legenda opowiada, iż trzej męczennicy pochowani w bazylice, przybrawszy postacie gołębi, usiedli na carroccio, zwiastując zwycięstwo. Zmiany architektoniczne zostały poczynione w świątyni w XI–XIII w. Do dziś zachowuje ona charakterystyczne cechy romańskie. W 1517 kościół i konwent przeszły w ręce benedyktynów z Cassino, którzy pozostali tam do 1798, ponieważ wtedy konwent został przekształcony na koszary.
W XVI w. dzwonnica kościoła została obniżona o ok. 25 m z rozkazu Ferrante I Gonzagi, jak zresztą większość tych, które wznosiły się w pobliżu zamku. Kopuła zaś i skrzydła boczne zostały zmodyfikowane w 1582. W 1840 wnętrze zostało zeszpecone przez prace Giulio Aluisettiego, który pokrył tynkiem ściany i sklepienia oraz zmodyfikował romańskie filary. Fasada została zrekonstruowana przez Carlo Maciachiniego w 1870, a w 1927 w oknach umieszczono witraże zaprojektowane przez Aldo Carpiego, przedstawiające epizody z bitwy pod Legnano. Na skutek niedawnych prac renowacyjnych światło dzienne ujrzały starochrześcijańskie elementy bazyliki i został jej przywrócony styl romański.