Okazuje się, że kilka dni wcześniej pojawił się on na tej wyspie należącej do Magneto, a ten zaopiekował swoim przyjacielem. Magneto zwraca X-Men ciało nieprzytomnego Profesora i drużyna wraca do Instytutu. Xavier umieszczony w specjalnej kapsule kontaktuje się z X-Men.
Okazuje się, że Profesor obudził się 20 lat później i za pomocą Cerebro kontaktuje się z „teraźniejszymi” X-Men. W przyszłości wszyscy z drużyny zginęli, pozostali mutanci zostali umieszczeni w obozach internowania, a ludzkość całkowicie wyginęła. Powodem tego był bunt Sentineli (maszyn łapiących mutantów) zapoczątkowany przez ogromny komputer Master Mold. Od tego czasu X-Men kontaktują się z Xavierem z przyszłości próbując zapobiec tragicznej wizji przyszłości. W tym czasie Profesor zostaje złapany przez Sentineli i tam sprzymierza się z X-Men przyszłości założonymi przez Wolverine’a. W końcu X-Men odnajdują Jean Grey, która okazuje się sprawcą eksplozji. Uwolniła się wtedy jej moc Phoenixa. Jean zostaje porwana przez Emmę Frost i Hellfire Club, a Phoenix ma zostać wykorzystany do zniszczenia świata.