Zgodnie z rozkazem dowództwa twierdzy polscy żołnierze przerwali na czas pertraktacji działania bojowe i już o świcie 28 września wywiesili białe flagi w dobrze widocznych miejscach na linii umocnień.
Rzeź jeńców i ludności cywilnej Mimo formalnego obowiązywania rozejmu esesmani z Dywizji Pancernej „Kempf” przypuścili rankiem 28 września niespodziewany atak na polskie pozycje pod Zakroczymiem, gdzie żołnierze 2 DP Leg. szykowali się już do złożenia broni. Zgodnie z meldunkiem złożonym gen. Thommée przez ppłk. Laliczyńskiego (dowódcę 4 Pułku Piechoty Legionów) „oddział niemiecki, korzystając z zawieszenia broni, przekroczył bez oporu i powodu linię placówek polskich, biegiem doszedł do plutonów, które bez broni odpoczywały przed schronem i bez uprzedzenia otworzył ogień”.
Dziesiątki żołnierzy zostało zamordowanych przez esesmanów. Co najmniej 54 żołnierzy z 32 pułku piechoty zginęło w okopach, a kolejnych dwunastu przy ul. Nowowiejskiej w Zakroczymiu. Kapitan Tadeusz Wojciech Dorant, dowódca III batalionu w 2 Pułku Piechoty Legionów, został wraz z kilkoma swoimi podwładnymi spalony żywcem miotaczem płomieni, gdy z podniesionymi rękami wychodził ze schronu.