Wybuch II wojny chińsko-japońskiej spowodował przerwę w konflikcie między KPCh i KMTLeung 1992, s. 370.. Między KPCh i KMT utworzono kolejny sojusz mający na celu wspólną walkę z inwazją. Sojusz istniał formalnie do 1945, jednak współpraca między partiami de facto zakończyła się w 1940Leung 1992, s. 354.. Pomimo formalnego sojuszu KPCh wykorzystało okazję do poszerzenia swoich obszarów i przygotowań do nadchodzącej walki z Kuomintangiem. W 1939 KMT zaczął ograniczać ekspansję KPCh, co doprowadziło do częstych starć między KPCh a KMT. Starcia te nie trwały długo, ponieważ żadna ze stron nie była wówczas zdolna prowadzić wojny na dwóch frontach. W 1943 KPCh ponownie aktywnie rozpoczął poszerzanie obszarów kosztem KMTLeung 1992, s. 355..
Po klęsce Japonii w 1945 ponownie wybuchła wojna domowa między KMT a KPCh. Dzięki pomocy ze strony Amerykanów (i jeszcze w czasie wojny Japończyków) KMT było w stanie odzyskać znaczną część kraju z rąk komunistów. KMT pomimo zyskania wielu obszarów musiało liczyć się z tym, że było bardzo niepopularne w społeczeństwie z powodu m.in. powszechnej w partii korupcji. W tym samym czasie KPCh dzięki pomocy ZSRR przejęło kontrolę nad MandżuriąLeung 1992, s. 95,96.. KMT osłabione zostało też przez masowe protesty studentów i intelektualistów, na które odpowiadało zresztą brutalnymi represjami.