Nazwa ulicy nawiązuje do polskiego króla Stefana Batorego, który 77 dni (2 stycznia - 20 marca) 1577 r. przebywał w Bydgoszczy, podczas wojny ze zbuntowanym Gdańskiem. Król prowadził pertraktacje oraz przygotowywał wyprawę wojenną. Na bydgoskim zamku gościł go miejscowy starosta Jan Kościelecki. Monarcha w tym czasie wystawił kilka przywilejów dla miast: Bydgoszczy oraz Fordonu.
Architektura Pierzeje ul. Stefana Batorego stanowią w większości budynki wzniesione w XVIII i przebudowane w XIX wieku. Wśród nich wyróżniają się zwłaszcza dwa budynki, posiadające neorenesansowy wystrój elewacji: na rogu z ul. Długą oraz narożny ze Starym Rynkiem.
Niektóre kamienice Nr Adres Lata budowy Styl architektoniczny Wpisany do rej. zabytków Uwagi Zdjęcie 1. Batorego 1 XVII w., 1877 neorenesans Kamienica na rogu Stary Rynek 12. Swój obecny wygląd zawdzięcza gruntownej przebudowie w duchu neorenesansowym, wykonanej w 1877 r. Elewacje zwieńczone są wysuniętym, profilowanym gzymsem na konsolkach, z fryzem o ornamencie perełkowym, wolich oczach i meandrowymParucka Krystyna. Zabytki Bydgoszczy – minikatalog. „Tifen” Krystyna Parucka. Bydgoszcz 2008. . Budynek posiada gotyckie piwnice, w których odkryto ślady XV-wiecznej piwiarni. Na parterze działa od 1993 r. kawiarnia artystyczna „Węgliszek”, nazwana na pamiątkę diabełka, który od XVI w.