Następnie do 1916 roku pracował jako wikariusz w założonej przez polskich imigrantów parafii świętej Barbary w Chicago, aby od tego roku zostać kapelanem więziennym. Od 1918 roku pracował na stanowisku profesora w Archidiecezjalnym Seminarium Duchownym im. Jamesa E. Quigleya, by w 1922 zacząć pracę duszpasterską w parafii świętego Kazimierza, którą to zakończył w roku 1931. Godność prałata otrzymał w 1931 roku oraz został członkiem Rady Delegatów dla Wspólnot Religijnych Kobiet.
18 grudnia 1931 roku papież Pius XI ustanowił Bonę drugim w historii biskupem diecezji Grand Island (metropolia Omaha) w stanie Nebraska. 25 lutego 1932 roku w archikatedrze Najświętszego Imienia Jezus w Chicago otrzymał sakrę biskupią z rąk kardynała George’a Mundeleina, natomiast współkonsekratorami byli biskup polskiego pochodzenia Paweł Piotr Rhode oraz biskup Francis Martin Kelly. Przeprowadził swoją diecezję przez trudny czas wielkiego kryzysu i II wojny światowej. Podczas wojny sprawował opiekę duszpasterską nad niemieckimi i włoskimi jeńcami wojennymi umieszczonymi w obozach położonych na obszarze diecezji.