We wnętrzu bazyliki znajduje się wiele cennych dzieł sztuki z okresu XIV – XVI wieku. Jedną ze ścian nawy zdobi fresk Trójca Święta, dzieło Tommaso Masaccio z 1427 r. Na uwagę zasługują także dzieła: Rossellina – pomnik na nagrobku Beaty Villona z 1451 Tino di Camaino – popiersie św. Antoniego i nagrobek biskupa Fiesole Lorenzo Ghibertiego – nagrobek Leonarda Dantego z 1423 Benedetto da Maiano – nagrobek Filippo Strozziego z 1491 Giorgia Vasari – Matka Boska Różańcowa z 1568 Agnolo Bronzino – Cud Jezusa Domenico Ghirlandaio – freski z życia Jana Chrzciciela i Madonny w kaplicy za ołtarzem głównym (kaplica Tornabuonich) Filippo Brunelleschiego – brązowy krucyfiks w Capella Gondi, kaplicy zaprojektowanej przez Giuliano da Sangallo Filippino Lippiego – freski na ścianach Kaplicy Filippo Strozziego, w tym Św. Jan wskrzesza Druzjannę Nardo di Cione – freski: Sąd Ostateczny, Raj i Piekło na ścianach kaplicy Strozzich z Mantui.