Po prawej stronie, do budynku kościoła przylega murowane ogrodzenie ozdobione biało-zieloną arkadą, za którym znajduje się stary cmentarz przyklasztorny. Po lewej stronie romański krużganek z 1350 r. ozdobiony freskami Paola Uccella ze scenami ilustrującymi Stary Testament. Łączy się on Małym Krużgankiem Zmarłych z Dużym Krużgankiem otaczającym wirydarz.
Trójnawowe wnętrze bazyliki dzieli kolumnada, w której rozstaw kolumn zmniejsza się w kierunku ołtarza (co optycznie wydłuża nawę). Nawy kończy transept poprzedzający prezbiterium.
We wnętrzu znajduje się kaplica Capella Strozzi di Montova wykonany na zlecenie Tomasa Strozziego przez braci Cione. Ołtarz kaplicy został wykonany przez Andrea di Cione a sąsiadujące freski przez jego brata Nardo di Cione. Na ścianie głównej został namalowany fresk przedstawiający Sąd Ostateczny, ściany boczne pokrywają freski ze scenami inspirowane Boską komedią Dantego. thumb|left|200px|Uczta Heroda thumb|left|200px|Rzeź niewiniątek w Betlejem thumb|left|200px|Zwiastowanie Zachariaszowi Główne prezbiterium Santa Maria Novella zostało ozdobione freskami autorstwa Domenico Ghirlandaio. Prace zostały zlecone przez bankiera Giovanni Tornabuoni. Dwadzieścia jeden fresków przedstawia zdarzenia z życia Maryi i Jana Chrzciciela. Przy freskach pracowało kilku artystów.