Od 1978 zaangażowana w działalność Wolnych Związków Zawodowych Wybrzeża. Redagowała niezależne pismo WZZ „Robotnik Wybrzeża”, pisząc m.in. artykuły na temat złych warunków pracy i przyczynach chorób zawodowych. Kolportowała ulotki i niezależną prasę, brała udział w obchodach rocznicowych upamiętniających wydarzenia z grudnia 1970. Poznała wówczas m.in. Bogdana Borusewicza, Andrzeja i Joannę Gwiazdów, Bogdana Lisa, Annę Walentynowicz, Lecha Wałęsę, Krzysztofa Wyszkowskiego. Krzysztof Wyszkowski wspominał:
W związku z prowadzoną działalnością opozycyjną była inwigilowana przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa, najpierw w ramach sprawy operacyjnego sprawdzenia, a od sierpnia 1978 w ramach sprawy operacyjnego rozpracowania (SOR) pod kryptonimem „Pielęgniarka” (operację prowadzono w Wydziale III „A”, następnie w Wydziale III KW MO w Gdańsku). Do inwigilacji Aliny Pienkowskiej wykorzystywano tajnych współpracowników. Objęto ją zakazem wyjazdów zagranicznych na okres 3 lat, wielokrotnie przeszukiwano jej mieszkanie, była też zatrzymywana na 48 godzin. Jedną z represji było również przenoszenie jej z jednej przychodni do drugiej w ramach Przemysłowego Zakładu Opieki Zdrowotnej. W kwietniu 1980 została karnie przeniesiona z przychodni Zakładów Okrętowych Urządzeń Elektrycznych i Automatyki Elmor do przychodni w Stoczni Gdańskiej.