Początkowo kabina pilotów była otwarta, ale od egzemplarza nr 3002, który wszedł na służbę w Lufthansie w lutym 1928, montowano zamknięte, oszklone kabiny dla pilotów. Kolejny egzemplarz o numerze 3003 rozpoczął loty 24 maja 1928 i był tysięcznym samolotem wyprodukowanym w wytwórni Hugo Junkersa.
Junkers G 31 był używany w Niemczech, Austrii, Australii oraz Nowej Gwinei, w okresie międzywojennym będącej pod administracją australijską. W służbie niemieckiego przewoźnika był wykorzystywany na liniach Berlin – Londyn, Hamburg – Londyn, Berlin – Królewiec, Berlin – Malmö, Berlin – Wiedeń. Austriackie linie lotnicze Österreichische Luftverkehrs AG (obecnie Austrian Airlines) korzystały z Junkersa G 31 na linii Berlin – Hamburg.
Na II Międzynarodowym Mityngu Lotniczym w 1927 w Dübendorfie pilot fabryczny Junkersa Waldemar Röder wygrał zawody w przelocie nad Alpami, na wysokości 4 tysięcy metrów. Jedyny wypadek lotniczy z udziałem Junkersa G 31 miał miejsce 11 grudnia 1928. Doszło wówczas do katastrofy egzemplarza D-1473 (nr fabryczny 3005) podczas awaryjnego lądowania w Letzlingen koło Stendal w Niemczech. Pasażerom udało się uratować z płonącego samolotu, jednak załoga razem z pilotem Gustavem Dörrem zginęła.