Największą liczebność klasztor uzyskał w 1750, gdy na czele 28 mniszek stała przeorysza Hosanna Dunin-Sulgustowska. Kolejna przełożona klasztoru, Joanna Paradowska, dokonała zmian w kościele, wymieniając m.in. w 1755 ołtarz główny. W 1786 klasztor doznał uszkodzeń w trakcie pożaru miasta. Zakonnice na pewien czas opuściły zabudowania klasztorne, jednak już w 1787 wróciły do częściowo wyremontowanych gmachów.
W wyniku II rozbioru Polski Piotrków został przyłączony do Królestwa Prus. W 1794 władze zaborcze zamknęły nowicjat, zaś w 1797 skonfiskowały majątek i zamknęły szkołę. Nowicjat ponownie otwarto w 1815. W 1827 dzięki staraniom przeoryszy Anieli Borowskiej wznowiono działalność szkoły klasztornej, przekształconej w dwuklasową pensję żeńską. W latach 40. XIX w. pod kierownictwem przełożonej Katarzyny Busiakiewiczówny wyremontowano obiekt, a także odzyskano majątek w mieście oraz posiadłościach wiejskich.