Cytozyna w wyspach CpG może być metylowana. Reakcja ta jest katalizowana jest przez metylotransferazy DNA. Występuje ona przede wszystkim u kręgowców – u bezkręgowców jak muszka D. melanogaster, nicień C. elegans czy drożdże S. cereviceae metylacja DNA występuje rzadko lub wcale. W ich przypadku dinukleotydy CG zwykle występują w całym genomie ze standardową częstotliwością, w związku z czym nie można wyróżnić wysp CpG, choć ich genom również może posiadać metylowane domeny.
Metylowane cytozyny w genomach ssaków są podatne na deaminację i w konsekwencji przekształcenie w tyminę, co skutkuje mutacją. Jednak takie przekształcenia w obrębie wysp CpG są rzadsze w porównaniu z innymi regionami genomu.
Metylacja wysp CpG w regionach promotorowych na ogół jest związana z wyciszaniem ekspresji genu i należy do mechanizmów epigenetycznych. Praktycznie przy wszystkich genach metabolizmu podstawowego () występują wyspy CpG. Geny te ulegają ekspresji we wszystkich komórkach i ich wyspy CpG nie są metylowane. Wyspy te są także niemetylowane przy specyficznych genach, w komórkach, dla których dana ekspresja jest cechą charakterystyczną. W innych typach komórek wyspy CpG przed takimi genami są metylowane, a przez to nie ulegają ekspresji.