Nikon wielokrotnie udawał się do Moskwy w celu pozyskiwania środków dla monasteru, nawiązując znajomości, które miały znaczący wpływ na jego dalszą karierę duchowną
Cenobityczny klasztor działał do 1764, przy czym od 1758 był już tylko filią Monasteru Wałaam. Jego ponowne otwarcie miało miejsce w 1853. W 1885 nad grobem świętego mnicha Serapiona, jednego z twórców monasteru, wzniesiono kaplicę św. Jana Chrzciciela. Wśród szczególnie czczonych w klasztorze relikwii znajdował się krzyż z cząstkami Krzyża Pańskiego oraz ikona Matki Bożej „Krzew Gorejący”.
Zniszczenie monasteru w czasie rosyjskiej wojny domowej W marcu 1914 przełożonym wspólnoty został ihumen Oleg (Zawilin), którego powołanie do tej funkcji zostało źle przyjęte przez mnichów. Mieli oni zastrzeżenia co do młodego wieku ihumena, który, jako 34-latek, był najmłodszym mieszkańcem monasteru. Negatywny stosunek mnichów (16 osób) do przełożonego nie zmienił się nawet po podniesieniu go do godności archimandryty w 1917Погром в Кожеозерском монастыре в 1918 году. 26 kwietnia tego samego roku hierodiakon Zosima, w porozumieniu z władzą świecką, przeprowadził w klasztorze zebranie, w czasie którego mnisi wybrali spośród siebie pięcioosobowy komitet z hieromnichem Arseniuszem na czele, ogłaszając równocześnie pozbawienie archimandryty Olega funkcji przełożonego.