Ożenił się z Szewą, córką rabina Mosze Arona Rabinowicza z Kobrynia. Jego starsza córka zmarła w wieku 3 lat w 1931. Druga córka Rywka Miriam została zamordowana przez hitlerowców wraz z żoną w Kobryniu.
W 1920 r. przyjął propozycję objęcia stanowiska rabina Biłgoraja. Pomimo że jego ojciec zgodził się na to, Mordechaj przeniósł się do Biłgoraja dopiero po śmierci ojca w 1926 r. Jego starszy brat Aharon objął stanowisko rabina Bełzu. W Biłgoraju Mordechaj służył jako duchowy przywódca i nauczyciel miejscowej społeczności żydowskiej. Utworzył także lokalny ośrodek studiów nad Torą. Mordechaj był zawsze podporządkowany swojemu bratu Aharonowi, z którym konsultował wszystkie ważne kwestie.
Ucieczka z Europy Po wybuchu II wojny światowej Biłgoraj został zbombardowany, a wielu jego żydowskich mieszkańców uciekło (najprawdopodobniej wraz z Armią Czerwoną, która przez kilka dni stacjonowała w Biłgoraju a potem oddała go na mocy porozumienia Niemcom. Mordechaj wraz z rodziną i innymi uciekinierami udał się do Porycza, kilka kilometrów na północ od miejscowości Sokal (obecna Ukraina), a potem do rodzinnego domu żony w Berezanach (Ukraina). W tym czasie bełscy chasydzi w Izraelu, Anglii oraz USA zorganizowali przeniesienie rabina Bełza do Sokala, a następnie do Przemyślan (Ukraina), gdzie przebywał przez niemal rok.