Najnowszym członkiem organizacji jest cierpiący na amnezję Gillian Seed, którego zadaniem będzie odnalezienie źródła Snatcherów i odkrycie swojego powiązania z androidami.
Rozgrywka Rozgrywka gry różni się od tej, jaką wcześniej Hideo Kojima zaprezentował w swojej poprzedniej grze – Metal Gear. Rozgrywka w Snatcher jest całkowicie w FPP – gracz nie porusza się po danym pomieszczeniu, a interakcja z otoczeniem ograniczone jest do wciśnięcia odpowiedniego klawisza. W zależności od sytuacji, Gillian Seed głównie wykonuje komendy: "Look" (Spójrz), "Investigate" (Zbadaj), "Talk" (Rozmawiaj), "Ask" (Spytaj) i "Move" (Ruch). W rozmowach z innymi bohaterami, gracz może pokazać im przedmioty które aktualnie posiada (zdjęcia, poszlaki) oraz dać pieniądze za pomoc w śledztwie. Robot Metal Gear, z którym głównemu bohaterowi przyjdzie prowadzić śledztwo, ma do dyspozycji trzy funkcje: zapisywania stanu gry, włączenie wideotelefonu, oraz w niektórych przypadkach włączenie latarki (w ciemnych pomieszczeniach). Elementy akcji składają się tylko na strzelaniu do przeciwników – w tym trybie widok FPP dzieli się na dziewięć kratek (3x3), w których pojawiają się przeciwnicy muszący zostać zestrzeleni.