W 1965 objął katedrę na Uniwersytecie Kalifornijskim w San Diego.
W pracy Eros i cywilizacja podejmuje polemikę z tezą Zygmunta Freuda o konieczności represji w procesie sublimacji i stawia hipotezę co do możliwości nierepresywnej kultury, bazując na Schillerze oraz na greckim antyku. Kluczowymi figurami stają się dla niego Narcyz i Orfeusz. W 1957 wydał książkę krytykującą „marksizm sowiecki”, w swoich innych pracach również polemizuje z praktyką i teorią „socjalizmu realnego” (stąd uważa się go czasem za marksistę wolnościowego).
Jego książki, zwłaszcza Eros i cywilizacja, były bardzo popularne podczas rewolty 1968 roku. On sam początkowo podszedł do niej entuzjastycznie, by później uznać wszelkie ruchy oporu wobec kapitalizmu za z góry wpisane w jego logikę. W czasach hipisów zasłynął stwierdzeniem że „kwiaty nie mają mocy”, co miało odnosić się do wiary, jaką hipisi pokładali w naturze. Nowa Lewica stworzyła hasło „Marks, Mao, Marcuse”. Sam Marcuse odcinał się jednak od tego rodzaju skojarzeń, twierdził, że nie reprezentuje Nowej Lewicy i nie rości sobie pretensji do bycia jej liderem czy rzecznikiem.