W 1580 r. miasto spustoszył ogień. Nie znamy szczegółów tego pożaru, jednak musiał on bardzo zniszczyć miasto, skoro król Stefan Batory uwolnił je od wszelkich podatków na okres 4 lat. Zaraza z 1622 r. znacznie uszczupliła liczbę ludności miasta. Kolejne epidemie grasowały tu w l. 1662, 1709 i 1721.Ślawski Tadeusz: Z problematyki społeczno-ekonomicznej Biecza i miast zachodniej części ziemi bieckiej w XVI i XVII stuleciu, w: „Nad rzeką Ropą. Szkice historyczne”, Wydawnictwo Literackie, Kraków 1968, s. 155-200;
Bobowa była niewielkim miastem o charakterze rolniczo-rzemieślniczym, znacznie mniejszym od niedalekiego Biecza: w 1629 r. płaciła ona 131 zł. z tytułu podatku od łanów miejskich i domów (tzw. sztos), podczas gdy Biecz 1251 zł. Z archiwaliów cechowych znana jest dziś tylko księga cechu szewskiego z najstarszym wpisem z r. 1586. Poza tym w mieście działały cechy: rzeźniczy (wzmianka z 1523), krawiecki i kuśnierski (1562), tkacki (1606) i cech wspólny (1646), do którego należeli stolarze, garncarze i piekarze. W pierwszej połowie XVII w. w mieście działało łącznie od 32 do 40 mistrzów cechowych.