124.
23 kwietnia 1600 roku poślubił swoją kuzynkę księżniczkę bawarską Marię Annę Wittelsbach, córkę księcia bawarskiego Wilhelma V Wittelsbacha i Renaty Lotaryńskiej. Z tego małżeństwa pochodziło siedmioro dzieci: Krystyna (*/† 1601), Karol (*/† 1603), Jan Karol (1605–1619), Ferdynand III (1608–1657) – cesarz rzymski Maria Anna (1610–1665) – żona elektora Bawarii Maksymiliana I Wittelsbacha Cecylia Renata (1611–1644) – żona króla Polski Władysława IV Wazy Leopold Wilhelm (1614–1662) – wielki mistrz zakonu krzyżackiego
4 lutego 1622 roku poślubił księżniczkę Eleonorę Gonzaga, córkę księcia Mantui Wincentego I Gonzagi i Eleonory de' Medici. Para nie miała dzieci.
Panowanie Król Czech 20 marca 1617 roku, w wyniku porozumienia pomiędzy Habsburgami austriackimi i hiszpańskimi Ferdynand został następcą Macieja Habsburga. W wyniku zabiegów cesarza sejm czeski wybrał go na króla Czech w tym samym roku. Czesi szybko mieli pożałować tego wyboru – Ferdynand był zagorzałym katolikiem i nie zamierzał respektować swobód wyznaniowych zagwarantowanych Czechom listem majestatycznym cesarza Rudolfa II. Miał powiedzieć: Wolę rządzić raczej pustynią niż krajem pełnym heretyków. Był też zdecydowanym zwolennikiem absolutyzmu, który wkrótce zaczął wprowadzać w życie.