Z racji sprawowanych funkcji był „skoszarowany” w partyjno-rządowych osiedlach kierownictwa NRD – początkowo wokół Majakowskiring w Berlinie-Pankow, następnie na Osiedlu Leśnym pod Bernau.
W 1987 w czasie spotkania z Helmutem Kohlem, kanclerzem Republiki Federalnej Niemiec ustalono, że wojna nigdy więcej nie może rozpocząć się na niemieckiej ziemi. W 1989 w związku z pogarszającymi się warunkami życia przez NRD przetoczyła się fala protestów. 18 października 1989 Erich Honecker został odsunięty od władzy, a po upadku w listopadzie 1989 Muru Berlińskiego pozbawiony wszelkich funkcji państwowych i partyjnych. Na stanowisku sekretarza partii zastąpił go Egon Krenz.
Honecker postawiony został w stan oskarżenia za nadużywanie władzy i korupcję. Z powodu choroby został przyjęty do radzieckiego szpitala wojskowego w Berlinie, a potem z powodu raka wątroby przewieziony na leczenie do Związku Radzieckiego. Po rozpadzie Związku Radzieckiego w 1991 schronił się w ambasadzie Chile w Moskwie. W 1992 został jednak przekazany władzom zjednoczonych Niemiec. Rozprawa sądowa rozpoczęła się po kilku miesiącach, jednak została zawieszona z powodu złego stanu zdrowia Ericha Honeckera. Taka decyzja sądu umożliwiła mu wyjazd w 1993 do Chile, gdzie przebywała już jego żona Margot Honecker oraz córka. Honecker zmarł 29 maja 1994 w Santiago.