Po wkroczeniu wojsk niemieckich i austro-węgierskich na Ukrainę, 29 kwietnia 1918 r. Centralna Rada została odsunięta od władzy w wyniku popartego przez Niemców przewrotu wojskowego Pawła Skoropadskiego, a Ukraińska Republika Ludowa przekształcona w Hetmanat. Hruszewski usunął się z życia publicznego i odmówił uczestnictwa w tworzeniu założonej wówczas Ukraińskiej Akademii Nauk.

W lutym 1919 po okupacji Kijowa przez Armię Czerwoną wyjechał do Kamieńca Podolskiego, stamtąd do Czechosłowacji, a następnie do Austrii, gdzie poświęcił się publicystyce i działalności politycznej w emigracyjnej Ukraińskiej Partii Socjalistów-Rewolucjonistów. W maju 1920 wraz z członkami delegacji zagranicznej Ukraińskiej Partii Socjalistów-Rewolucjonistów potępił rozstrzygnięcia terytorialne umowy warszawskiej pomiędzy Ukraińską Republiką Ludową a Polską. 19 lipca 1920 skierował list do KC Komunistycznej Partii bolszewików Ukrainy, oświadczając, że UPSR popiera stanowisko Kominternu i zaproponował KP(b)U współpracę z UPSR. Wyraził pragnienie powrotu do USRR.