Północno-zachodnia została zburzona w 1472 z rozkazu Bartolomeo Colleoniego, aby zrobić miejsce na mauzoleum władcy i jego rodziny, inną zburzono w 1485, aby zbudować zakrystię, a kolejną rozebrano, aby w latach 1436–1459 wznieść dzwonnicę - dzieło Bertolasio Moroni di Albino.
Prace budowlane opóźniły się i ok. 1200 zostały zawieszone z powodu trudności finansowych. Zostały jednak ukończone ślepa fasada i atrium. W XIV i XV w. prace zostały wznowione. Zbudowano również baptysterium (1340) i trzy wysunięte portyki (1353, 1360, 1366) autorstwa Giovanniego da Campione.
23 czerwca 1449 Senat i Wysoka Rada (Maggior Consiglio) Bergamo powierzyły opiekę nad świątynią bractwu zwanemu Consorzio della Misericordia Maggiore. Była to sodalicja utworzona w 1265 przez Pinamonte da Brembate w celu zachowania i wzbogacenia dziedzictwa artystycznego bazyliki. W 1521 zbudowano portal południowo-zachodni, zwany della Fontana (Fontanny).
Wnętrze bazyliki zostało przebudowane w XVII w. przez Francesco Rachiniego, Giovanniego Sala i Giovanniego Barberiniego. W tym samym okresie zmieniono również wystrój kopuły.