Warianty 747-400 W porównaniu do wersji 747-300 – model 400 ma szersze zakończenia skrzydeł, winglety i nowocześniejszy, szklany kokpit, nie wymagający obecności mechanika pokładowego podczas lotu. Mimo przedłużenia skrzydeł – ich masa została zmniejszona poprzez użycie do budowy stopów aluminium. Zamontowano również dodatkowy zbiornik paliwa w stateczniku poziomym, bardziej wydajne silniki oraz innowacyjny wystrój kabiny pasażerskiej zapewniający wyższy komfort lotu.
747-400 charakteryzuje się dwa razy dłuższym pokładem górnym, w porównaniu do wersji podstawowej.
W 1989 roku linie lotnicze Qantas ustanowiły rekord świata pokonując 747-400 bez przerwy dystans pomiędzy Londynem a Sydney (18 tys. km) w czasie 20 godzin i 9 minut. Lot odbył się bez pasażerów i załadunku.
Produkcja 747-400 oficjalnie ustała 15 marca 2007, kontrakty na ostatnie 4 egzemplarze będące w trakcie realizacji zostały rozwiązane przez Philippine Airlines. W listopadzie 2002 China Airlines zamówiły 4 pasażerskie 747-400. Zamówienie zostało zrealizowane w ciągu dwóch lat, tym samym 7 grudnia 2004 dostarczono do przewoźnika ostatni 747-400.
747-400F Boeing 747-400F (od ) to wersja towarowa z projektem kadłuba zaczerpniętym z Boeinga 747-200F.