W 1946 nowe kierownictwo WiN podporządkowało organizację rządowi emigracyjnemu i Naczelnemu Wodzowi PSZ na Zachodzie oraz ograniczyło wsparcie dla PSL. Od początku do końca rzeczywistego istnienia WiN organizacją kierowali byli oficerowie ZWZ-AK, zaś struktura organizacyjna w latach 1945–1947 (podział na obszary, okręgi, inspektoraty, obwody, rejony) została przejęta po AK i DSZ. WiN dzieliła się początkowo na 3 obszary: Zachodni z siedzibą w Poznaniu, Centralny z siedzibą w Warszawie i Południowy z siedzibą w Krakowie. Obszary były podzielone na kilkanaście okręgów. W 1946 istniały tylko 2 obszary – Centralny i Południowy.
W styczniu 1947 WiN wezwała PSL do bojkotu wyborów do Sejmu Ustawodawczego i oczekiwania na interwencję państw zachodnich. Pomimo zakazu Delegatury Sił Zbrojnych oraz Komendanta Obszaru Centralnego DSZ, Jana Mazurkiewicza (ps. „Radosław”), WiN prowadziła także rozmowy z UPA. Do wiosny 1947 na terenie Lubelszczyzny i Podlasia WiN uzgodniono zawieszenie broni, dochodziło nawet do współdziałania (atak UPA i WiN na Hrubieszów 28 maja 1946). Doraźne porozumienia zawarto także 21 maja 1945 w Rudzie Różanieckiej oraz 29 kwietnia 1945 w Siedliskach na Pogórzu Przemyskim.