Wkrótce po zakończeniu kampanii wrześniowej Niemcy przystąpili do rozprawy z przedstawicielami tzw. "polskiej warstwy przywódczej" z terenów Pomorza i Wolnego Miasta Gdańska. Kluczowa rola w tej akcji przypadła utworzonemu 12 września 1939 tzw. Einsatzkommando 16 (EK 16) - specjalnej grupie operacyjnej (Einsatzgruppen) niemieckiej policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa, którą utworzono na bazie gdańskich struktur Gestapo i policji. Lölgen objął stanowisko szefa ekspozytury EK 16 w Bydgoszczy. Był również, obok Friedricha Classa, jednym z najbardziej zaufanych współpracowników dowódcy EK 16 - dr Rudolfa Trögera.
Głównym zadaniem Lölgena była eksterminacja polskiej elity politycznej i intelektualnej w Bydgoszczy, do której jako pretekst posłużyły wydarzenia tzw. bydgoskiej krwawej niedzieli. W trakcie swojego powojennego procesu Lölgen przyznał zresztą, że za swój główny cel traktował ukaranie nie tyle sprawców, co „inspiratorów” rzekomego pogromu niemieckiej ludności cywilnej. We współpracy z przywódcami paramilitarnego Selbstschutzu oraz miejscowym kreisleiterem NSDAP, Lölgen organizował w Bydgoszczy wielkie obławy (zwane eufemistycznie „akcjami oczyszczającymi”), wymierzone najczęściej w przedstawicieli konkretnie wybranych grup zawodowych lub społecznych (m.in.